České konsorcium analyzuje varianty genomu SARS-CoV-2

Praha 15. května 2020 (PROTEXT) - Firma Institute of Applied Biotechnologies a.s. (IAB) ve spolupráci s odborníky 2. LF Univerzity Karlovy v Praze iniciuje vznik národní platformy pro analýzu variant genomu SARS-CoV-2 v České republice. Iniciativa má za cíl poskytnou důležité informace o přítomnosti a šíření jednotlivých variant SARS-CoV-2 v ČR. Poznatky získané v rámci této iniciativy umožní odpovědným orgánům a zdravotnickým institucím naplánovat a upravit stávající a budoucí akce jako např. plánování rozsahu karantény, vyhodnocení potenciálu vakcíny nebo zajištění spolehlivosti diagnostických nástrojů. "V rámci pilotní studie byly analyzovány náhodně vybrané vzorky izolované z výtěrů nosohltanu v nemocnicích v Praze a Kladně. Všechny vzorky pocházejí od pacientů infikovaných virem SARS-CoV-2 prostřednictvím komunitního přenosu v rámci České republiky. Skupině se podařilo s využitím moderních přístupů identifikovat nové specifické varianty koronaviru a navíc se za pomoci bioinformatické a statistické analýzy získaných dat podařilo na anonymizovaném setu vzorků trasovat přenos viru z pacienta na pacienta," uvedl RNDr. Petr Kvapil, předseda představenstva IAB. Pilotní studie představuje 15 úplných genomických sekvencí SARS-CoV-2, které byly získány pomocí pokrokových technologií digitální genomiky - sekvenování příští generace (z angl. Next Generation Sequencing) a bioinformatických nástrojů pro analýzu tohoto typu dat. "Sekvenační data získaná sekvenací na platformě Illumina byla zpracována metodou "de novo assembly" od Broad Institute (viral-NGS). Tento přístup umožnil sestavení kompletní genomové sekvence SARS-CoV-2 (>29 000 bazí) bez využití známé referenční sekvence. Díky tomu jsme zaručili vysokou kvalitu dat, potřebnou pro analýzu variant genomu SARS-CoV-2. Celý postup jsme validovali pomocí syntetických kontrol SARS-CoV-2 RNA firmy Twist Bioscience. Takto získané genomy viru SARS-CoV-2 jsme následně mezi sebou porovnali a identifikovali několik klastrů genomů SARS-CoV-2 lišících se navzájem variantami. Díky tomu bylo možné na anonymizované sadě vzorků zpětné rekonstruovat "příběhy" šíření viru z pacienta na pacienta. Následná fylogenetická analýza porovnávající získané varianty genomu SARS-CoV-2 s genomovými sekvencemi z celosvětové databáze (GISAID) identifikovala jedinečné varianty specifické pro Českou republiku," řekl Ing. Petr Brož, vedoucí bioinformatického oddělení IAB. IAB nedávno v rámci projektu Centrum digitální genomiky (CeDiGe 21) spolufinancovaného z projektů Evropské unie (CZ.01.1.02/0.0/0.0/16_092/0010080) otevřela novou laboratoř zaměřenou na průmyslový výzkum a vývoj v oblasti digitální genomiky. IAB v příštích týdnech plánuje výrazně zvýšit množství analyzovaných vzorků v rámci projektu Czech Consortium for Covid Genomics realizovaného ve spolupráci s Ústavem molekulární a translační medicíny (ÚMTM) Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci a CEITEC Brno. Projekt má ambici se postupně zaměřit na všechny regiony České republiky. Kontakt: Petr Klempt Institute of Applied Biotechnologies a.s. e-mail: klempt@iabio.eu